Fiksjonsfilm med dokumentariske trekk om en kunstskole som på overflaten fungerer som institutt for fine art i et stort, konsolidert universitet. I hemmelighet opererer dette instituttet som et autonomt akademi med egen ledelse, regelverk osv. Ghost in the Machine iscenesetter en alternativ skole som, istedenfor å bryte ut av institusjonen, tar plass som en slags parasitt inne i den. Filmen stiller derfor også allmenne filosofiske spørsmål om frihet og selvbestemmelse i et samfunn preget av stadig mer usynlig kontroll.