Cristin-prosjekt-ID: 658162
Sist endret: 21. oktober 2019 13:44

Cristin-prosjekt-ID: 658162
Sist endret: 21. oktober 2019 13:44
Prosjekt

Environmental DNA (eDNA) monitoring of two different freshwater pathogen-host complexes in the interface between nature and aquaculture (eDNAqua-Fresh)

prosjektleder

Trude Vrålstad
ved Forskningsgruppe fiskehelse ved Veterinærinstituttet

prosjekteier / koordinerende forskningsansvarlig enhet

  • Veterinærinstituttet

Finansiering

  • TotalbudsjettNOK 3.655.000
  • Veterinærinstituttet
    Prosjektkode: 13076

Klassifisering

Vitenskapsdisipliner

Fiskehelse • Basale biofag • Molekylærbiologi

Emneord

Miljøovervåkning • Gyrodactylus salaris L. • Krepsepest • EDNA baserte metoder • Miljø DNA • Atlantisk laks • Tifotkreps

Kategorier

Prosjektkategori

  • Doktorgradsprosjekt

Kontaktinformasjon

Tidsramme

Aktivt
Start: 3. oktober 2016 Slutt: 30. september 2020

Beskrivelse Beskrivelse

Tittel

Environmental DNA (eDNA) monitoring of two different freshwater pathogen-host complexes in the interface between nature and aquaculture (eDNAqua-Fresh)

Vitenskapelig sammendrag

The overall objective is to demonstrate the potential of targeted eDNA detection as surveillance and biosecurity tool both in nature and aquaculture with special emphasis on optimized methods for the detection of elusive targets (low-prevalent disease agents, rare species, early invasions) by examining two highly different host-pathogen complexes.

Sub-goals

  • Optimize water sampling strategies and DNA capture methods for elusive targets, and explore the advantages of droplet digital PCR (ddPCR) for aquatic eDNA monitoring
  • Apply eDNA methodology for host-pathogen systems under experimental and natural conditions using freshwater crayfish-A. astaci and Salmon-G. salaris as models
  • Analyse the nature of eDNA from various sources and attempt to quantify hosts and/or pathogens through the amount of eDNA emitted
  • Compare the potential of and challenges with eDNA monitoring, i.e. the ability to detect or quantify, of the various target organisms in light of organism biology (size, life cycle, reproductive strategy, behaviour etc)

prosjektdeltakere

prosjektleder
Aktiv cristin-person

Trude Vrålstad

  • Tilknyttet:
    Prosjektleder
    ved Forskningsgruppe fiskehelse ved Veterinærinstituttet

Tom Andersen

  • Tilknyttet:
    Prosjektdeltaker
    ved Seksjon for akvatisk biologi og toksikologi ved Universitetet i Oslo

Haakon Hansen

  • Tilknyttet:
    Prosjektdeltaker
    ved Forskningsgruppe fiskehelse ved Veterinærinstituttet

David Strand

  • Tilknyttet:
    Prosjektdeltaker
    ved Forskningsgruppe fiskehelse ved Veterinærinstituttet

Johannes Rusch

  • Tilknyttet:
    Prosjektdeltaker
    ved Institutt for biovitenskap ved Universitetet i Oslo
  • Tilknyttet:
    Prosjektdeltaker
    ved Forskningsgruppe fiskehelse ved Veterinærinstituttet
1 - 5 av 5

Resultater Resultater

Update on environmental DNA (eDNA) monitoring of Aphanomyces astaci and freshwater crayfish .

Vrålstad, Trude; Strand, David; Johnsen, Stein Ivar; Rusch, Johannes; Agersnap, Sune; Larsen, William Brenner; Knudsen, Steen Wilhelm; Peter, Rask Møller; Petrusek, Adam. 2019, The 10th Annual Workshop of the National Reference Laboratories for Crustacean Diseases. VETINST, UKvP, KU, NINAVitenskapelig foredrag

Detection of hosts and pathogens in water samples with focus on the crayfish plague and Gyrodactylus salaris.

Rusch, Johannes; Hansen, Haakon; Strand, David; Vrålstad, Trude. 2018, Barentsvet 2018 – International conference on animal diseases in countries in the Barents sea area. . NIVA, VETINSTVitenskapelig foredrag

Detection of pathogens and their hosts using water sampling and eDNA analysis demonstrated on crayfish plague/crayfish and Gyrodactylus salaris/Atlantic Salmon.

Rusch, Johannes; Hansen, Haakon; Strand, David; Andersen, Tom; Vrålstad, Trude. 2018, Charles University Prague PhD Seminar. VETINST, UIOFaglig foredrag

Simultaneous eDNA monitoring of the host-pathogen complex Pacifastacus leniusculus and Aphanomycis astaci under varying environmental conditions.

Rusch, Johannes; Strand, David; Laurendz, Charlotte; Johnsen, Stein Ivar; Edsman, Lennart; Andersen, Tom; Vrålstad, Trude. 2018, 22nd International Symosium of Freshwater Crayfish (IAA22). VETINST, UIO, NINA, SLUVitenskapelig foredrag

Catching the fish with the worm: A case study on eDNA detection of the monogenean parasite Gyrodactylus salaris and two of its hosts, Atlantic salmon (Salmo salar) and rainbow trout (Oncorhynchus mykiss).

Rusch, Johannes; Hansen, Haakon; Strand, David; Markussen, Turhan; Hytterød, Sigurd; Vrålstad, Trude. 2018, Parasites & Vectors. VETINST, NMBU, UIOVitenskapelig artikkel
1 - 5 av 5