Nye flow cytometry baserte analysemetoder innen akvakultur

Akvakultur møter i dag et økende infeksjonspress. Transport systemer slik som brønnbåter kan forårsake spredning av patogene organismer. Resirkuleringsanlegg har liknende utfordringer med å holde god mikrobiell vannkvalitet, fritt for patogener. Dagens metoder for å identifisere infeksjoner baserer seg på PCR deteksjon av spesifikke patogener. Med disse metodene kan man derimot ikke bestemme vitalitet hos artene som identifiseres.

Flow cytometry har i flere tiår blitt brukt for å måle vitalitet hos bakterier ved å bruke fluorescerende fargestoffer, slik som i liv/død farging med SYTO9/PI eller CFDA-AM osv. I dette prosjektet har vi ønsket å undersøke og utvide mulighetene for bakterielle analyser i akvatiske miljøer med en nylig utviklet metode: Bioorthogonal Amino Acid Tagging (BONCAT).

BONCAT er en klikk-kjemi reaksjon hvor en analog aminosyre blir inkorporert i nylig syntetisert protein, og et fargestoff deretter kobles til denne aminosyren vha. en klikk reaksjon. Med denne metoden kan man måle protein produksjon på et tidspunkt eller følge protein syntesen over tid. I protein produksjon kreves intakt DNA, og i tillegg får man informasjon om metabolsk aktivitet i cellene. Vi har tilpasset denne metoden for flow cytometry, noe som øker analysehastigheten. Vi har også kombinert med SYBR Green farging, en veletablert metode for totalfarging av DNA hos marine mikrober.