Cristin-resultat-ID: 1816846
Sist endret: 8. januar 2021, 11:55
NVI-rapporteringsår: 2020
Resultat
Vitenskapelig artikkel
2020

A Bayesian binomial regression model with latent gaussian processes for modelling DNA methylation

Bidragsytere:
  • Aliaksandr Hubin
  • Geir Olve Storvik
  • Paul Eivind Grini og
  • Melinka Alonso Butenko

Tidsskrift

Austrian Journal of Statistics
ISSN 1026-597X
NVI-nivå 1

Om resultatet

Vitenskapelig artikkel
Publiseringsår: 2020
Publisert online: 2020
Trykket: 2020
Volum: 49
Hefte: 4
Sider: 46 - 56
Open Access

Importkilder

Scopus-ID: 2-s2.0-85083316899

Beskrivelse Beskrivelse

Tittel

A Bayesian binomial regression model with latent gaussian processes for modelling DNA methylation

Sammendrag

Epigenetic observations are represented by the total number of reads from a given pool of cells and the number of methylated reads, making it reasonable to model this data by a binomial distribution. There are numerous factors that can influence the probability of success in a particular region. Moreover, there is a strong spatial (alongside the genome) dependence of these probabilities. We incorporate dependence on the covariates and the spatial dependence of the methylation probability for observations from a pool of cells by means of a binomial regression model with a latent Gaussian field and a logit link function. We apply a Bayesian approach including prior specifications on model configurations. We run a mode jumping Markov chain Monte Carlo algorithm (MJMCMC) across different choices of covariates in order to obtain the joint posterior distribution of parameters and models. This also allows finding the best set of covariates to model methylation probability within the genomic region of interest and individual marginal inclusion probabilities of the covariates.

Bidragsytere

Aliaksandr Hubin

  • Tilknyttet:
    Forfatter
    ved Avdeling for statistisk analyse og maskinlæring for brukermotiverte anvendelser SAMBA ved Norsk Regnesentral
  • Tilknyttet:
    Forfatter
    ved Matematisk institutt ved Universitetet i Oslo
Aktiv cristin-person

Geir Olve Storvik

  • Tilknyttet:
    Forfatter
    ved Matematisk institutt ved Universitetet i Oslo
  • Tilknyttet:
    Forfatter
    ved Avdeling for statistisk analyse og maskinlæring for brukermotiverte anvendelser SAMBA ved Norsk Regnesentral

Paul Grini

Bidragsyterens navn vises på dette resultatet som Paul Eivind Grini
  • Tilknyttet:
    Forfatter
    ved Seksjon for genetikk og evolusjonsbiologi ved Universitetet i Oslo

Melinka Alonso Butenko

  • Tilknyttet:
    Forfatter
    ved Seksjon for genetikk og evolusjonsbiologi ved Universitetet i Oslo
1 - 4 av 4