Info
Meny
English
Logg inn
Søk etter prosjekter, resultater og personer
Søk etter prosjekter, resultater og personer
Historikk
Cristin-resultat-ID:
1816846
Sist endret:
8. januar 2021, 11:55
NVI-rapporteringsår:
2020
Resultat
Vitenskapelig artikkel
2020
A Bayesian binomial regression model with latent gaussian processes for modelling DNA methylation
Aliaksandr Hubin
Geir Olve Storvik
Paul Eivind Grini
og
Melinka Alonso Butenko
Tidsskrift
Tidsskrift
Austrian Journal of Statistics
ISSN 1026-597X
NVI-nivå 1
Finn i kanalregisteret
Om resultatet
Om resultatet
Vitenskapelig artikkel
Publiseringsår: 2020
Publisert online: 2020
Trykket: 2020
Volum: 49
Hefte: 4
Sider: 46 - 56
Open Access
Lenker
Lenker
original online (doi)
https://doi.org/10.17713/ajs.v49i4.1124
Institusjonsarkiv
hdl.handle.net/10852/78195
Importkilder
Importkilder
Scopus-ID: 2-s2.0-85083316899
Beskrivelse
Beskrivelse
Engelsk
Tittel
A Bayesian binomial regression model with latent gaussian processes for modelling DNA methylation
Sammendrag
Epigenetic observations are represented by the total number of reads from a given pool of cells and the number of methylated reads, making it reasonable to model this data by a binomial distribution. There are numerous factors that can influence the probability of success in a particular region. Moreover, there is a strong spatial (alongside the genome) dependence of these probabilities. We incorporate dependence on the covariates and the spatial dependence of the methylation probability for observations from a pool of cells by means of a binomial regression model with a latent Gaussian field and a logit link function. We apply a Bayesian approach including prior specifications on model configurations. We run a mode jumping Markov chain Monte Carlo algorithm (MJMCMC) across different choices of covariates in order to obtain the joint posterior distribution of parameters and models. This also allows finding the best set of covariates to model methylation probability within the genomic region of interest and individual marginal inclusion probabilities of the covariates.
Vis
fullstendig beskrivelse
Bidragsytere
Bidragsytere
Aliaksandr Hubin
Forfatter
ved Avdeling for statistisk analyse og maskinlæring for brukermotiverte anvendelser SAMBA ved Norsk Regnesentral
Forfatter
ved Matematisk institutt ved Universitetet i Oslo
Geir Olve Storvik
Forfatter
ved Matematisk institutt ved Universitetet i Oslo
Forfatter
ved Avdeling for statistisk analyse og maskinlæring for brukermotiverte anvendelser SAMBA ved Norsk Regnesentral
Paul Grini
Bidragsyterens navn vises på dette resultatet som Paul Eivind Grini
Forfatter
ved Seksjon for genetikk og evolusjonsbiologi ved Universitetet i Oslo
Melinka Alonso Butenko
Forfatter
ved Seksjon for genetikk og evolusjonsbiologi ved Universitetet i Oslo
1
-
4
av
4