Cristin-resultat-ID: 1979993
Sist endret: 25. august 2022, 10:55
NVI-rapporteringsår: 2021
Resultat
Vitenskapelig artikkel
2021

ShinyArchR.UiO: user-friendly,integrative and open-source tool for visualization of single-cell ATAC-seq data using ArchR

Bidragsytere:
  • Ankush Sharma
  • Akshay Akshay
  • Marie Rogne og
  • Ragnhild Eskeland

Tidsskrift

Bioinformatics
ISSN 1367-4803
e-ISSN 1367-4811
NVI-nivå 2

Om resultatet

Vitenskapelig artikkel
Publiseringsår: 2021
Publisert online: 2021
Trykket: 2022
Volum: 38
Hefte: 3
Sider: 834 - 836
Open Access

Importkilder

Scopus-ID: 2-s2.0-85130427738

Beskrivelse Beskrivelse

Tittel

ShinyArchR.UiO: user-friendly,integrative and open-source tool for visualization of single-cell ATAC-seq data using ArchR

Sammendrag

Motivation: Mapping of chromatin accessibility landscapes in single-cells and the integration with gene expression enables a better understanding of gene regulatory mechanisms defining cell identities and cell-fate determination in development and disease. Generally, raw data generated from single-cell Assay for Transposase-Accessible Chromatin sequencing (scATAC-seq) are deposited in repositories that are generally inaccessible due to lack of in-depth knowledge of computational programming. Results: We have developed ShinyArchR.UiO, an R-based shiny app, that facilitates scATAC-seq data accessibility and visualisation in a user-friendly, interactive, and open-source web interface. ShinyArchR.UiO is an application that can streamline collaborative efforts for interpretation of massive chromatin accessibility datasets and allow for open access data sharing for wider audiences.

Bidragsytere

Ankush Sharma

  • Tilknyttet:
    Forfatter
    ved ML Maskinlæring ved Universitetet i Oslo
  • Tilknyttet:
    Forfatter
    ved Institutt for biovitenskap ved Universitetet i Oslo
  • Tilknyttet:
    Forfatter
    ved Avdeling for biostatistikk ved Universitetet i Oslo
  • Tilknyttet:
    Forfatter
    ved Senter for kreftcelle-reprogrammering ved Universitetet i Oslo
  • Tilknyttet:
    Forfatter
    ved Avdeling for molekylærmedisin ved Universitetet i Oslo

Akshay Akshay

  • Tilknyttet:
    Forfatter
    ved Universität Bern

Marie Rogne

  • Tilknyttet:
    Forfatter
    ved Avdeling for molekylærmedisin ved Universitetet i Oslo
  • Tilknyttet:
    Forfatter
    ved Senter for kreftcelle-reprogrammering ved Universitetet i Oslo

Ragnhild Eskeland

  • Tilknyttet:
    Forfatter
    ved Senter for kreftcelle-reprogrammering ved Universitetet i Oslo
  • Tilknyttet:
    Forfatter
    ved Avdeling for molekylærmedisin ved Universitetet i Oslo
1 - 4 av 4