Sammendrag
Kardiomyopatisyndrom (CMS) er en alvorlig hjertesykdom hos atlantisk laks forårsaket av piscine myokardittvirus (PMCV). CMS-utbrudd oppstår vanligvis flere måneder etter overføring til sjø (i løpet av andre år av produksjonssyklusen) når fisken er relativt stor (~3,6 kg). I de fleste tilfeller observeres ingen kliniske symptomer før dødeligheten begynner, noe som fører til svekket fiskehelse/velferd og betydelige økonomiske tap for lakseprodusenter. Hjertehistopatologisk undersøkelse av affisert fisk viser alvorlig betennelse og nekrose, hovedsakelig begrenset til endokardiet og svampete myokard i atrium og ventrikkel, med et høyere nivå av infiltrasjon gjennom mononukleære celler, dvs. lymfocytter og makrofager. Målet med denne studien var å finkartlegge en region på kromosom 27 der det tidligere er rapportert en QTL (quantitative trait locus) som forklarer en stor andel av total genetisk variasjon for resistens mot kardiomyopatisyndrom hos atlantisk laks. Testpopulasjonen i denne studien stammet fra fire årsklasser fra avlskjernen til MOWI ASA, (YC2016, YC2017, YC2019 og YC2021). Utvalgte individer fra disse fire årsklassene ble brukt til to formål, a) helgenom-resekvensering for å finkartlegge den(e) oppdagede QTL-regionen(e), fra finneklipp og, b) validering av mulige kausative gener gjennom genekspresjonsstudie av hjerte og proteomstudie av blodplasma. Prøver til genomsekvensering ble valgt fra YC2016, YC2017 og YC2019, mens prøver for transkriptomikk og proteomikk ble hentet fra YC2021. Finkartlegging via genom-resekvensering økte oppløsningen i den målrettede genomiske regionen (Ssa27:10-12 Mbps), noe som avdekket de to immunrelaterte genene (HA1F og MR1). Transkriptomanalyse avslørte bare to differensielt uttrykte gener, MR1 og HA1F når resistente og mottakelige individer ble sammenlignet. Genet MR1 ble sterkt uttrykt i den mottakelige gruppen med log2 ganger endring på 6,405 sammenlignet med resistente individer. I motsetning til MR1-ekspresjon ble HA1F-genet lavt uttrykt (log2 ganger endring på 2,099) i mottakelig gruppe. Dessuten validerte proteomikkresultatene delvis resultatene av transkriptomikk med produktet av MR1 som ble produsert forskjellig hos resistente kontra mottakelige individer.
Vis fullstendig beskrivelse
