Info
Meny
English
Logg inn
Søk etter prosjekter, resultater og personer
Søk etter prosjekter, resultater og personer
Historikk
Cristin-resultat-ID:
2085878
Sist endret:
10. februar 2023, 11:37
NVI-rapporteringsår:
2022
Resultat
Vitenskapelig artikkel
2022
MoDLE: high-performance stochastic modeling of DNA loop extrusion interactions
Roberto Rossini
Vipin Kumar
Anthony Mathelier
Torbjørn Rognes
og
Jonas Paulsen
Tidsskrift
Tidsskrift
Genome Biology
ISSN 1465-6906
e-ISSN 1474-760X
NVI-nivå 2
Finn i kanalregisteret
Om resultatet
Om resultatet
Vitenskapelig artikkel
Publiseringsår: 2022
Volum: 23
Hefte: 1
Artikkelnummer: 247
Open Access
Lenker
Lenker
original online (doi)
https://doi.org/10.1186/s13059-022-02815-7
Institusjonsarkiv
hdl.handle.net/10852/97875
Importkilder
Importkilder
Scopus-ID: 2-s2.0-85143103111
Beskrivelse
Beskrivelse
Engelsk
Tittel
MoDLE: high-performance stochastic modeling of DNA loop extrusion interactions
Sammendrag
DNA loop extrusion emerges as a key process establishing genome structure and function. We introduce MoDLE, a computational tool for fast, stochastic modeling of molecular contacts from DNA loop extrusion capable of simulating realistic contact patterns genome wide in a few minutes. MoDLE accurately simulates contact maps in concordance with existing molecular dynamics approaches and with Micro-C data and does so orders of magnitude faster than existing approaches. MoDLE runs efficiently on machines ranging from laptops to high performance computing clusters and opens up for exploratory and predictive modeling of 3D genome structure in a wide range of settings.
Vis
fullstendig beskrivelse
Bidragsytere
Bidragsytere
Roberto Rossini
Forfatter
ved Seksjon for genetikk og evolusjonsbiologi ved Universitetet i Oslo
Vipin Kumar
Forfatter
ved Anthony Mathelier Group - Computational Biology & Gene Regulation ved Universitetet i Oslo
Anthony Mathelier
Forfatter
ved Anthony Mathelier Group - Computational Biology & Gene Regulation ved Universitetet i Oslo
Torbjørn Rognes
Forfatter
ved Senter for bioinformatikk ved Universitetet i Oslo
Forfatter
ved Vitenskapelige beregninger og maskinlæring ved Universitetet i Oslo
Forfatter
ved Avdeling for mikrobiologi ved Oslo universitetssykehus HF
Jonas Paulsen
Forfatter
ved Seksjon for genetikk og evolusjonsbiologi ved Universitetet i Oslo
Forfatter
ved Senter for bioinformatikk ved Universitetet i Oslo
1
-
5
av
5