Sammendrag
For at kunne spore ikke-hjemmehørende arter af marine invasive tibenede krebsdyr, ved hjælp af
DNA-niveauer i filtrerede vandprøver, er der for denne rapport udviklet og testet tre nye artsspecifikke
sporingssystemer, og for overblikkets skyld er fire tidligere udviklede og testede eDNA-sporingssystemer
ligeledes efterkontrolleret, testet igen og enten inkluderet igen, eller erstattet af mere
præcise eDNA-sporingssystemer.
Ved brug af kvantitativ PCR (quantitative polymerase chain reaction) (qPCR) er det med disse
systemer nu muligt at spore eDNA i vandprøver fra seks ikke-hjemmehørende tibenede krebsdyr i
danske farvande, og det er muligt at vurdere niveauerne af miljø-DNA (environmental DNA, eDNA) i
vandprøverne fra de enkelte arter.
Alle syv sporingssystemer er blevet designet og testet både på DNA fra vævsprøver fra de eftersøgte
arter, men også på DNA fra andre sameksisterende og hjemmehørende arter repræsenterende
marine tibenede krebsdyr (Decapoda). De tre nye sporingssystemer er her eftervist som værende
artsspecifikke og således i stand til at spore DNA fra ’pensel klippekrabbe’, ’den blå svømmekrabbe’
og ’stribet klippe-krabbe’.
Specificiteten for hvert sporingssystem er eftervist først ud fra sammenligning af nukleotidsekvenser
hvor de enkelte primere og en passende ’hydrolysis probe’ kan binde til et specifikt område i det
mitokondrielle genom for den eftersøgte organisme. Primer og probe kombinationen er derpå testet
under standardiserede temperaturomstændigheder i en qPCR opsætning, hvor den unikke sammensætning
af nukleinsyrer i DNA sekvensen er med til at sikre at kun DNA fra den eftersøgte art registreres.
Med qPCR-tests af forskelige kombinationer af primere og prober kan effektiviteten og
specificiteten af kombinationerne så vurderes for at finde frem til den optimale kombination der
senerehen bør bruges på indsamlede vandprøver. Sammenligningen med nukleotid-sekvenser fra
andre arter af tibenede krebsdyr blev udført ved at identificere variable gen-regioner i de mitokondrielle
genregioner: cytochrome oxidase 1 (mtDNA-co1) og cytochrome b (mtDNA-cytb). Nukleotid
sekvenser af mtDNA-co1 og mtDNA-cytb blev enten indhentet fra en genetisk database eller indhentet
ved de novo-sekventering af DNA ekstraheret fra vævsprøver indsamlet fra de syv arter.
Blandt de sporingssystemer der er testet, er der for hver art udvalgt et sporingssystem, da det i
studiet her er eftervist som værende artsspecifikt, men samtidig også er udvalgt efter i hvor høj grad
det er sensitivt for lave niveauer af miljø-DNA. De tidligere udviklede eDNA-sporingssystemer, der er
blevet udviklet imod ‘amerikansk hummer‘, ‘østamerikansk brakvandskrabbe’, ‘kinesisk uldhåndskrabbe’
og ‘Kamchatka krabbe’ er testet igen i denne rapport, og nye specifikke sporingssystemer
præsenteres for to af arterne, for at sikre bedre præcision. Med inklusion og reevaluaring af alle
artsspecifikke qPCR-systemer udviklet i MONIS-regi for sporing af marine krabber, er alle systemer
for artsspecifik sporing af marine krabber samlet i samme rapport. I denne rapport er disse qPCR
systemers specificitet efterprøvet igen mod en større diversitet af ikke-eftersøgte arter. To tidligere
publicerede assays er her erstattet af nye og mere specifikke assays.
Vis fullstendig beskrivelse
