Cristin-resultat-ID: 1916488
Sist endret: 31. januar 2022, 22:00
NVI-rapporteringsår: 2021
Resultat
Vitenskapelig artikkel
2021

Linking meta-omics to the kinetics of denitrification intermediates reveals pH-dependent causes of N2O emissions and nitrite accumulation in soil.

Bidragsytere:
  • Åsa Frostegård
  • Silas HW Vick
  • Y N Natalie Lim
  • Lars R Bakken og
  • James P Shapleigh

Tidsskrift

The ISME Journal
ISSN 1751-7362
e-ISSN 1751-7370
NVI-nivå 2

Om resultatet

Vitenskapelig artikkel
Publiseringsår: 2021
Publisert online: 2021
Trykket: 2022
Volum: 16
Sider: 26 - 37

Importkilder

Scopus-ID: 2-s2.0-85109276591

Beskrivelse Beskrivelse

Tittel

Linking meta-omics to the kinetics of denitrification intermediates reveals pH-dependent causes of N2O emissions and nitrite accumulation in soil.

Sammendrag

Soil pH is a key controller of denitrification. We analyzed the metagenomics/transcriptomics and phenomics of two soils from a long-term liming experiment, SoilN (pH 6.8) and unlimed SoilA, pH 3.8. SoilA had severely delayed N2O reduction despite early transcription of nosZ (mainly clade I), encoding N2O reductase, by diverse denitrifiers. This shows that post-transcriptionally hampered maturation of the NosZ apoprotein at low pH is a generic phenomenon. Identification of transcript reads of several accessory genes in the nos cluster indicated that enzymes for NosZ maturation were present across a range of organisms, eliminating their absence as an explanation for the failure to produce a functional enzyme. nir transcript abundances (for NO2- reductase) in SoilA suggest that low NO2- concentrations in acidic soils, often ascribed to abiotic degradation, are primarily due to biological activity. The accumulation of NO2- in neutral soil was ascribed to high nar expression (nitrate reductase). The -omics results revealed dominance of nirK over nirS in both soils while qPCR showed the opposite, demonstrating that standard primer pairs only capture a fraction of the nirK pool. qnor encoding NO reductase was strongly expressed in SoilA, implying an important role in controlling NO. Production of HONO, for which some studies claim higher, others lower, emissions from NO2- accumulating soil, was estimated to be ten times higher from SoilA than from SoilN. The study extends our understanding of denitrification-driven gas emissions and the diversity of bacteria involved and demonstrates that gene and transcript quantifications cannot always reliably predict community phenotypes.

Bidragsytere

Åsa Helena Frostegård

Bidragsyterens navn vises på dette resultatet som Åsa Frostegård
  • Tilknyttet:
    Forfatter
    ved Kjemi, bioteknologi og matvitenskap ved Norges miljø- og biovitenskapelige universitet

Silas Vick

Bidragsyterens navn vises på dette resultatet som Silas HW Vick
  • Tilknyttet:
    Forfatter
    ved Kjemi, bioteknologi og matvitenskap ved Norges miljø- og biovitenskapelige universitet

Yen Nee Natalie Lim

Bidragsyterens navn vises på dette resultatet som Y N Natalie Lim
  • Tilknyttet:
    Forfatter
    ved Kjemi, bioteknologi og matvitenskap ved Norges miljø- og biovitenskapelige universitet

Lars Bakken

Bidragsyterens navn vises på dette resultatet som Lars R Bakken
  • Tilknyttet:
    Forfatter
    ved Kjemi, bioteknologi og matvitenskap ved Norges miljø- og biovitenskapelige universitet

James P Shapleigh

  • Tilknyttet:
    Forfatter
    ved Cornell University
1 - 5 av 5