Nye metoder for å analysere blodplasma og RNA integritet og mengde

Prosjektbeskrivelse (revidert av REK) Formålet med prosjektet er å utvikle en metode for å oppdage kontaminering i plasmaprøver samt å utvikle en metode for uttak av RNA fra Tempus RNA-rør som gjør at innholdet kan tines og deles opp i flere alikvoter for å ekstrahere en av alikvotene og gi til forsker, mens resten fryses og lagres til senere bruk. Ved avdeling for Biobanker ved Folkehelseinstituttet er det lagret en stor mengde biologiske prøver som er samlet inn og benyttes i ulike studier. I dette prosjektet ønsker man å utvikle metoder som gjør at dette materialet kan utnyttes bedre. Man planlegger å samle inn blod fra opptil 50 frivillige kvinner og menn, samt samle inn navlesnorsblod fra fødende ved Ullevål sykehus. Det planlegges ikke å beholde noen kobling mellom navn på deltakere og blodprøver. Prøvene vil merkes med kjønn og nummer, og det vil ikke være samme person som tar blodprøver som gjør analyser. Det planlegges to delstudier. 1. Metodeutvikling for å oppdage plasmakontaminering. Bakgrunnen fra dette prosjektet er at man i MoBa studien har lagret plasma i 96-brønners brett med plasma fra ulike individer. Man har nå behov for å kunne avgjøre hvorvidt prøvene inneholder plasma fra flere deltakere. Blod fra frivillige vil analyseres. Man vil bruke både plasma og RBC. RBC vil senere kunne benyttes som positv kontroll for DNA. Man kan analysere for RNA, cfDNA eller eventuelle proteiner. Det planlegges først å utvikle qPCR som identifiserer y-kromosonspesifikt RNA. Man kan i andre omgang eventuelt utvikle ddPCR eller proteinanalyse. Plasma fra menn vil titreres inn i plasma fra kvinner for å finne en grense for identifisering 2. Metodeutvikling for uttak av deler av tempusrør. Bakgrunnen for dette delprosjektet er at man i flere studier har RNA Tempus-rør i fryseren. F. eks finnes det i MoBa mer enn 48.000 hele og uåpnede RNA Tempus-rør, og mange forskere er interessert i uttak. Dersom hele røret først blir ekstrahert er det ikke mulig å senere bruke nyere metoder for ekstraksjon, i tillegg anses ferdig ekstrahert RNA som sårbart for degradering. Man ønsker derfor å utvikle en metode der man etter opptining deler opp Tempus RNA-rør i flere alikvoter, ekstrahere en av alikvotene og gi til forsker, mens resten fryses og lagres til senere bruk. Det planlegges å samle inn Tempus-rør fra voksne frivillige og blod fra navlesnor. Et fullt rør vil analyseres helt, rør nummer to vil deles opp i flere allikvoter for å undersøke hvor små mengder som gir tilstrekkelig utbytte av RNA materiale, og for rør tre vil man undersøke effekt av tine-fryse sykluser på utbytte, kvalitet og integritet av RNA. Det søkes om å opprette en spesifikk forskningsbiobank «Kvalitetskontroll forskningsbiobank», med ansvarshavende Nur Dale ved Folkehelseinstituttet.